Autora: Nathalya Melo
A bacia hidrográfica é constituída pelo conjunto de rios, lagoas, pântanos, nascentes e áreas de recarga que juntos formam todo ecossistema hídrico, interligando a parte mais alta onde a água é captada e partes mais baixa por onde acumula ou corre. Em períodos chuvosos e com intensas tempestades estas partes baixas são inundadas, iniciando-se as margens dos córregos, rios, lagoas e pântanos.
A nascente do rio São João está localizada nas encostas da serra do mar, em Cachoeira de Macacu. De lá o rio passa por Rio Bonito, Silva Jardim e Casimiro de Abreu. Passa pela serra de Sambê (Rio Bonito) por onde nasce e corre os rios Capivari que vai desaguar na represa de Juturnaíba, e os rios Aldeia Velha, Águas Claras, Embaús, Pirinéus e Maratuã que são lançado no próprio. Em outra parte temos o rio de Ouro, Salto Dágua e o Serra Castelhana que ficam entre Rio Bonito, Araruama e Saquarema, de onde nasce e corre o rio Bacaxá até ir encontrar-se com a lagoa de Juturnaíba, principal responsável pelo abastecimento de água da Região dos Lagos.
